Det er mulig å arbeide med PDF-dokumenter i Zotero. Høyreklikk på en referanse som har en PDF tilknyttet seg og velg Åpne i ny fane.
Bruk verktøyene i Adobe Reader for utheving og notater. Dokumentet lagres automatisk i Zotero med dine uthevinger
Eksempel på utheving og notat i et dokument:
Zotfile er en plugin til Zotero som kan brukes til å behandle dine PDF-er og gjøre oppgaver som å endre filnavn, flytte og tilknytte PDF-er (eller andre filer) til Zotero-referanser. Zotfile kan også hente ut uthevet tekst og notater fra dine PDF-er og lagre dette i et Zotero-notat.